С 1996 г. значение Наурзумских озер и оз. Сарыкопа стало падать. В этих условиях возрастала роль озер долины Убагана, Убаган-Ишимского междуречья и Сыпсынагашской ложбины. Здесь продолжали гнездиться большая белая цапля, бакланы, черноголовые хохотуны. Возможно, именно с обсыханием Наурзумских озер и Сарыкопы связано массовое гнездование розовых пеликанов в системе Шошкалов. Уровень их наполнения существенно различался. Озера долины Убагана – Тениз и Шошкалы по шкале Е.А.Даниленко (1982) находились в VII стадии, на Убаган-Ишимском водоразделе – Камышовое и Койбагар – на V–IV, Тюнтюгур и озера Тургайской и Сыпсынагашской ложбин – Жарколь и Кулыколь – на IV–III стадии.

Как отмечалось, оптимальные условия для гнездования большинства водоплавающих птиц складываются в период среднего обводнения – первоначально на мелководных озерах – обычно уже на следующий год после максимального наполнения. С усыханием озер, по мере падения уровня, увеличивается минерализация воды, снижается разнообразие водной растительности, на мелководных озерах вся акватория зарастает тростником, а на глубоководных прибрежные заросли оказываются на суше. В процессе осолонения почв в озерных котловинах луговые сообщества сменяются галофитными. В периоды значительного усыхания численность гнездящихся водоплавающих птиц снижается в десятки раз.

Большое значение в жизни озер имеют степные реки – карасу. В годы засух, когда озера полностью пересыхают, здесь сохраняются рыба, моллюски и другие водные животные, водная растительность. Во время паводков часть их выносится в котловины озер и, в условиях быстро прогревающейся толщи воды, они быстро размножаются.

На территории региона отмечено 120 видов водоплавающих и водно-болотных птиц, в том числе:

гагары – 1, поганки – 4, веслоногие – 4, аистообразные – 11, фламинго – 1, гусеобразные – 32, журавлеобразные – 2, кулики – 43, поморники – 1, чайки и крачки – 14, пастушковые – 7, из которых 62 вида гнездятся в области.