Одиночные птицы встречаются на всех крупных озерах региона: Тенизе, Шошкалы, Койбагаре, Тюнтюгуре и др. как весной, так и летом, но гнездование известно лишь в немногих местах. В Наурзумском заповеднике гнездятся в периоды с высоким и средним уровнем воды.

В 1960-х начале 70-х гг. колония из 60–70 пар располагалась на острове оз. Жарколь (Самородов, Рябов, 1972), в 1982–96 гг. – переместилась на соленое оз. Жарман. В 1990-е гг. численность этой колонии колебалась от 90 пар в 1996 г. до 254 в 1992 г.

После 1996 г., в связи с обсыханием озер, гнездование здесь прекратилось. В 1999–2000 гг. гнездовая колония в 220–250 пар найдена на оз. Кулыколь, около 200 пар были здесь и в 2001 г. Гнездились они в эти годы, вероятно, и на оз. Шошкалы, где постоянно наблюдались кормящиеся птицы.

В 1997 г. С.Н. Ерохов нашел колонию хохотунов из 300 пар на оз. Новое Сливное.

С озерами в той или иной степени связан еще целый ряд редких видов птиц.

В районах массовой распашки, в основном только в котловинах озер с их солонцовыми и солончаковыми комплексами и сухими лугами, гнездятся стрепет, журавль-красавка, кречетка, степной лунь.

К крупным озерным системам приурочена большая часть из 23–26 гнездовых пар орлана-белохвоста.

Это крупнейшая группировка в Казахстане, составляющая 21,8–25,3% от общей гнездовой численности, которая оценивается в 95–110 пар (Красная книга Казахстана, 1996).

Осенью пролетные орланы держатся на всех озерах, здесь регулярно охотятся также орлы-могильники, гнездящиеся в близлежащих лесных массивах, встречаются пролетные большие подорлики, беркуты, степные орлы, балобаны, сапсаны.