Как отмечалось, оптимальные условия для гнездования большинства водоплавающих птиц складываются в период среднего обводнения – первоначально на мелководных озерах – обычно уже на следующий год после максимального наполнения. С усыханием озер, по мере падения уровня, увеличивается минерализация воды, снижается разнообразие водной растительности, на мелководных озерах вся акватория зарастает тростником, а на глубоководных прибрежные заросли оказываются на суше. В процессе осолонения почв в озерных котловинах луговые сообщества сменяются галофитными. В периоды значительного усыхания численность гнездящихся водоплавающих птиц снижается в десятки раз.

Последний период обводнения региона, начиная с 1981 г., характеризовался не только быстрым нарастанием численности водоплавающих птиц, но и массовой инвазией южных видов по всему региону. В этот период отмечалось гнездование колпиц, малых и чайконосых крачек, черноголовых хохотунов, залеты караваек. Численность большой белой цапли в конце 1980-х – начале 90-х годов на Наурзумских озерах достигала 570 особей.

В оптимальные по обводнению годы здесь гнездилось от 2,5 до 5,0 тыс. пар водоплавающих птиц, в том числе серый гусь – 100–320, лебедь-шипун – 25–40, утки (в основном красноголовый нырок, серая, кряква, шилохвость, чирок-трескунок, широконоска) – 0,8–1,2 тыс., лысуха – 0,7–2,8 тыс. Значительной была концентрация пластинчатоклювых на линьке. В 1988–93 гг. здесь учитывали около 6–8 тысяч серых гусей, до 20 тыс. уток (красноголовый нырок, кряква, шилохвость, свиязь), 4–4,5 тыс. лысух, впервые наблюдалась массовая линька лебедей – до 1 500 шипунов, а в 1993 г. более 600 лебедей кликунов. К концу 1980-х гг. массовым пролетным видом вновь стала краснозобая казарка.