С 1996 г. значение Наурзумских озер и оз. Сарыкопа стало падать. В этих условиях возрастала роль озер долины Убагана, Убаган-Ишимского междуречья и Сыпсынагашской ложбины. Здесь продолжали гнездиться большая белая цапля, бакланы, черноголовые хохотуны. Возможно, именно с обсыханием Наурзумских озер и Сарыкопы связано массовое гнездование розовых пеликанов в системе Шошкалов. Уровень их наполнения существенно различался. Озера долины Убагана – Тениз и Шошкалы по шкале Е.А.Даниленко (1982) находились в VII стадии, на Убаган-Ишимском водоразделе – Камышовое и Койбагар – на V–IV, Тюнтюгур и озера Тургайской и Сыпсынагашской ложбин – Жарколь и Кулыколь – на IV–III стадии.

Среди зарегистрированных 13 718 птиц 59 видов наиболее многочисленной группой оказались кулики – 48,2%, которые были представлены как местными, гнездящимися (шилоклювка, ходулочник, кулик-сорока, чибис, поручейник, травник, большой веретенник, степная тиркушка, малый зуек, большой кроншнеп), так и северными видами (кулик воробей, чернозобик, краснозобик, турухтан, круглоносый плавунчик, белохвостый песочник, песчанка, единично – тулес, мородунка). Северные виды составляли 86,9%, причем были многочисленны только на значительно усохших озерах в южных сухих степях. Далее следовали утки – 32%, чайки и крачки – 7,6%, веслоногие (пеликаны, большой баклан) – 3,4%, серый гусь – 2,9%, лебеди – 2,0%, лысухи – 1,8%, поганки – 1,4%, цапли – 1,1.